Il Medico Competente ha l'obbligo di collaborare con il datore di lavoro e con il RSPP alla valutazione dei rischi. Questa collaborazione è fondamentale per integrare nel DVR la componente sanitaria e identificare le mansioni che richiedono sorveglianza.
Il D.Lgs. 81/2008 prevede che il Medico Competente partecipi attivamente alla valutazione dei rischi, apportando la propria competenza medico-specialistica nella stima dei rischi per la salute. In particolare, collabora all'identificazione dei rischi sanitari, alla definizione delle misure di prevenzione e protezione e all'elaborazione del protocollo sanitario.
Il DVR deve essere aggiornato in occasione di modifiche al processo produttivo, all'organizzazione del lavoro, all'insorgenza di infortuni o malattie professionali, o quando i risultati della sorveglianza sanitaria lo rendono necessario. Il Medico Competente contribuisce a questi aggiornamenti con le informazioni derivanti dalla propria attività clinica.
Sulla base dei rischi identificati nel DVR, il Medico Competente elabora il protocollo sanitario aziendale, che definisce per ogni mansione gli accertamenti previsti, la periodicità delle visite e gli esami diagnostici da effettuare.